Comparative DNA methylation among females with neurodevelopmental disorders and seizures identifies TAC1 as a MeCP2 target gene

Aldinger, Kimberly A; Plummer, Jasmine T; Levitt, Pat

doi:10.1186/1866-1955-5-15

Table 1 Top 40 differentially methylated CpG sites identified in the discovery cohort

From: Comparative DNA methylation among females with neurodevelopmental disorders and seizures identifies TAC1 as a MeCP2 target gene

		RTT		AUT		CTL		Discovery (n= 20)		RTT		AUT		SEZ		CTL		Replication (n= 40)		Pooled (n= 60)
ILMN probe	Gene	Mean β	SD	Mean β	SD	Mean β	SD	P value	FDR	Mean β	SD	Mean β	SD	Mean β	SD	Mean β	SD	P value	FDR	P value	FDR
cg17950095	HOXA11	0.25	0.06	0.20	0.02	0.37	0.07	0.0002	0.03	0.23	0.12	0.27	0.11	0.27	0.09	0.25	0.12	0.86	0.92	0.42	0.46
cg00187686	TCN1	0.38	0.07	0.41	0.13	0.18	0.07	0.0002	0.03	0.48	0.14	0.40	0.09	0.43	0.05	0.37	0.06	0.05	0.32	0.003	0.02
cg04527989	PTCD2	0.83	0.04	0.64	0.11	0.83	0.06	0.0003	0.03	0.73	0.09	0.70	0.07	0.64	0.16	0.77	0.05	0.03	0.32	0.0001	0.001
cg14221171	TAC1	0.17	0.09	0.35	0.08	0.10	0.06	0.0004	0.03	0.23	0.11	0.22	0.08	0.35	0.11	0.16	0.08	0.003	0.13	0.0001	0.001
cg03718539	ETNK2	0.07	0.03	0.24	0.05	0.14	0.10	0.0004	0.03	0.11	0.03	0.12	0.06	0.16	0.06	0.09	0.04	0.07	0.32	0.02	0.05
cg09242541	APITD1	0.53	0.14	0.45	0.11	0.24	0.07	0.001	0.04	0.41	0.22	0.43	0.16	0.32	0.08	0.54	0.13	0.04	0.32	0.28	0.34
cg18432105	MYH2	0.74	0.06	0.62	0.03	0.57	0.11	0.001	0.06	0.66	0.09	0.70	0.07	0.71	0.03	0.67	0.13	0.62	0.81	0.17	0.24
cg14986136	WBP5	0.13	0.08	0.13	0.07	0.32	0.10	0.001	0.06	0.21	0.14	0.17	0.08	0.20	0.05	0.19	0.11	0.77	0.90	0.17	0.24
cg18838701	TNNI3	0.14	0.07	0.34	0.20	0.08	0.05	0.002	0.06	0.26	0.14	0.24	0.14	0.23	0.10	0.21	0.12	0.87	0.92	0.15	0.22
cg06537230	DLX5	0.29	0.09	0.35	0.05	0.16	0.06	0.002	0.06	0.27	0.09	0.30	0.08	0.37	0.09	0.29	0.09	0.20	0.65	0.02	0.05
cg19002579	SMPX	0.64	0.09	0.69	0.04	0.42	0.17	0.002	0.06	0.64	0.12	0.61	0.08	0.66	0.08	0.60	0.09	0.54	0.78	0.02	0.05
cg06618866	TLR2	0.16	0.05	0.26	0.09	0.10	0.05	0.002	0.06	0.16	0.08	0.18	0.09	0.16	0.05	0.14	0.05	0.53	0.78	0.02	0.05
cg23196831	COL14A1	0.22	0.05	0.25	0.12	0.09	0.06	0.002	0.06	0.18	0.11	0.25	0.10	0.23	0.11	0.18	0.09	0.26	0.67	0.02	0.05
cg01541443	C7orf41	0.78	0.07	0.61	0.10	0.79	0.05	0.002	0.06	0.67	0.10	0.67	0.08	0.68	0.03	0.66	0.17	0.99	0.99	0.33	0.38
cg19642007	TNNT3	0.62	0.06	0.45	0.11	0.47	0.09	0.003	0.06	0.49	0.12	0.49	0.07	0.53	0.09	0.47	0.07	0.57	0.79	0.02	0.05
cg00176210	ANK1	0.37	0.09	0.42	0.05	0.22	0.10	0.003	0.06	0.40	0.11	0.34	0.12	0.41	0.06	0.34	0.10	0.39	0.68	0.05	0.09
cg02049180	INSRR	0.65	0.07	0.43	0.19	0.64	0.03	0.003	0.06	0.62	0.11	0.62	0.07	0.64	0.04	0.61	0.09	0.92	0.95	0.23	0.31
cg09868035	C20orf135	0.45	0.07	0.38	0.11	0.29	0.07	0.003	0.07	0.45	0.10	0.44	0.13	0.41	0.07	0.38	0.12	0.49	0.78	0.04	0.09
cg26227465	IFNG	0.69	0.07	0.74	0.09	0.49	0.17	0.003	0.07	0.58	0.15	0.60	0.13	0.60	0.14	0.55	0.19	0.79	0.90	0.08	0.13
cg20322862	TGIF1	0.51	0.07	0.37	0.07	0.56	0.08	0.003	0.07	0.46	0.11	0.51	0.08	0.53	0.05	0.45	0.13	0.30	0.68	0.79	0.81
cg09404633	LMOD1	0.35	0.08	0.39	0.11	0.16	0.14	0.004	0.07	0.30	0.12	0.28	0.11	0.37	0.08	0.25	0.10	0.13	0.48	0.01	0.03
cg04555771	CACNA2D2	0.33	0.10	0.44	0.10	0.16	0.14	0.004	0.07	0.28	0.08	0.32	0.11	0.37	0.06	0.36	0.15	0.39	0.68	0.40	0.45
cg10467098	C11orf68	0.47	0.08	0.33	0.09	0.53	0.08	0.005	0.08	0.40	0.11	0.48	0.09	0.44	0.09	0.49	0.14	0.22	0.67	0.21	0.29
cg04091078	SLCO1C1	0.73	0.04	0.58	0.14	0.71	0.04	0.005	0.09	0.68	0.07	0.67	0.08	0.71	0.04	0.67	0.05	0.50	0.78	0.05	0.09
cg05570980	C3orf52	0.19	0.05	0.31	0.13	0.14	0.05	0.006	0.09	0.16	0.03	0.17	0.06	0.18	0.06	0.22	0.10	0.24	0.67	0.71	0.75
cg02441647	COL8A1	0.08	0.03	0.13	0.04	0.25	0.15	0.006	0.09	0.17	0.09	0.14	0.06	0.17	0.07	0.15	0.12	0.86	0.92	0.25	0.32
cg18801691	DCC	0.12	0.05	0.07	0.03	0.24	0.13	0.007	0.09	0.26	0.11	0.18	0.05	0.23	0.05	0.17	0.06	0.03	0.32	0.28	0.34
cg21306775	FLJ44881	0.71	0.05	0.57	0.17	0.50	0.16	0.007	0.09	0.65	0.12	0.60	0.10	0.54	0.05	0.53	0.10	0.07	0.32	0.0002	0.002
cg14141399	HAS1	0.89	0.03	0.79	0.16	0.69	0.16	0.007	0.09	0.76	0.15	0.81	0.05	0.76	0.09	0.75	0.12	0.52	0.78	0.05	0.09
cg12815142	SPAG7	0.69	0.05	0.56	0.06	0.53	0.15	0.007	0.09	0.58	0.09	0.53	0.08	0.60	0.04	0.51	0.10	0.07	0.32	0.0003	0.003
cg14062083	KRTAP13-4	0.56	0.08	0.42	0.13	0.39	0.10	0.007	0.09	0.46	0.10	0.45	0.09	0.57	0.04	0.44	0.12	0.05	0.32	0.003	0.02
cg20311730	NLRP10	0.64	0.04	0.60	0.11	0.47	0.14	0.007	0.09	0.59	0.10	0.58	0.05	0.60	0.05	0.54	0.08	0.34	0.68	0.004	0.02
cg00415993	F2RL2	0.67	0.10	0.65	0.11	0.44	0.18	0.008	0.09	0.58	0.08	0.51	0.13	0.59	0.07	0.44	0.19	0.10	0.42	0.002	0.01
cg00318573	CHRNA4	0.32	0.12	0.18	0.09	0.14	0.07	0.008	0.09	0.20	0.08	0.19	0.11	0.25	0.12	0.16	0.09	0.32	0.68	0.01	0.03
cg15350036	CROT	0.82	0.04	0.75	0.07	0.66	0.13	0.008	0.09	0.78	0.04	0.72	0.09	0.73	0.08	0.67	0.20	0.35	0.68	0.01	0.04
cg04993257	PLAC2	0.44	0.07	0.35	0.08	0.26	0.15	0.009	0.09	0.39	0.07	0.41	0.10	0.44	0.07	0.47	0.10	0.27	0.67	0.82	0.82
cg03273615	RBM41	0.40	0.08	0.33	0.12	0.22	0.11	0.009	0.09	0.35	0.12	0.35	0.10	0.38	0.04	0.32	0.13	0.73	0.88	0.08	0.13
cg11505048	APOBEC4	0.83	0.06	0.72	0.14	0.88	0.03	0.009	0.09	0.71	0.09	0.69	0.07	0.69	0.07	0.73	0.08	0.60	0.80	0.01	0.04
cg01145396	CHRNG	0.58	0.07	0.57	0.08	0.43	0.12	0.009	0.09	0.49	0.07	0.49	0.08	0.57	0.06	0.52	0.14	0.36	0.68	0.32	0.37
cg13370916	STARD8	0.58	0.06	0.51	0.02	0.40	0.16	0.009	0.09	0.48	0.10	0.50	0.09	0.51	0.05	0.47	0.10	0.70	0.87	0.04	0.09

Probes with P <0.001 and FDR <0.05 are in bold. Probes with P <0.01 and FDR <0.05 are in italic. AUT autism, CTL control, FDR false discovery rate, ILMN Probe Illumina HumanMethyl27 probe name; P value analysis of variance P value, RTT Rett syndrome, SD standard deviation.

Back to article page

ISSN: 1866-1955

Contact us

Submission enquiries: Access here and click Contact Us
General enquiries: info@biomedcentral.com

Journal of Neurodevelopmental Disorders

Contact us